奇怪的问题；关于并行计算

sentinel

CPU： E6550
MEM：2G
普通台式机。

系统：debian lenny
并行：mpich 1.2.7 + gcc

使用
nohup mpirun -np 2 $mycommand &
提交作业之后
top命令显示每个线程只能用到cpu一个核心的50％

Tasks:  71 total,   3 running,  68 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s): 39.7%us,  7.8%sy,  0.0%ni, 49.7%id,  0.0%wa,  0.0%hi,  2.7%si,  0.0%st
Mem:   2032500k total,   223620k used,  1808880k free,    18552k buffers
Swap:  2104472k total,        0k used,  2104472k free,   169792k cached
PID to kill:
  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND            
9855 zhq       20   0  9200 2632 1884 S   50  0.1   0:12.56 lmp_debian         
9859 zhq       20   0 18604 3912 1808 R   50  0.2   0:12.78 lmp_debian  

而同一台机器，操作系统为ubuntu 8.04，其余环境一致（至少我认为是这样），cpu的两个核都能用到100％。

我现在不知道从何入手来解决这个问题了，也不知道提供什么信息来让大家帮我解决这个问题了。

请各位同仁不吝赐教。

potter_tang

整体的运算速度相比呢？

sentinel

双核50％相当于单核；计算量小的时候还要慢一些。以前用ubuntu的时候不是这样的

potter_tang

我电脑是单核的，并行自然是100%了。没办法试。并行计算也只是前段时间上课弄过一点，不太懂。
你的50%会不会指的就是占了两核总共的50%呢，也就是一个进程占一核的100%了?
不然我觉得很难理解，运行一个单进程的计算程序也肯定得占上其中一核的全部资源啊，怎么会两进程时一核各用50%，我觉得这样反道更难实现。
你不用并行，直接运行你的程序看看top里怎么显示呢?是50%还是100%。
只是随便说说，希望对你有帮助。

sentinel

我也感到很费解。实在是想不明白。

若运行单进程的程序，则该程序100％，占总cpu(s)资源的50％。这个是正常的。

并行的。。。

potter_tang

这就对了吧，单程序显示占cpu(s)的50%，就就是只用了一个核，且一个核已经用了100%，而它显示的是相对于整个CPU（两个核心）来讲的50%。
所以两个进程时都占cpu(s)的50%，就是两个核都用到100%了。
你用图形界面的gnome-system-monitor看一下吧。我觉得是没问题的。

sentinel

我没有把事情表达清楚，对不起。
在top命令显示的信息中，
单线程程序占总cpu资源的50％，在%cpu所在column显示100％；
双线程程序也占总cpu资源的50％，在%cpu所在column显示每线程50％。

这意味着双线程程序没有能够充分发挥每个核心的作用。

tjpm

我自己编译MPICH2也碰到过这问题。。

不过在Centos上同样方式编译的也是正常的。
debian上不知道是不是MPICH编译的时候没有注意选择设备。

你可以试试源里编译好的MPICH2，有一个针对SMP的 包名叫mpich-shmem-bin的，这个应该可以的吧。

Post by sentinel;2007687
我没有把事情表达清楚，对不起。
在top命令显示的信息中，
单线程程序占总cpu资源的50％，在%cpu所在column显示100％；
双线程程序也占总cpu资源的50％，在%cpu所在column显示每线程50％。

这意味着双线程程序没有能够充分发挥每个核心的作用。

tjpm

不是这么回事

Post by potter_tang;2007556
这就对了吧，单程序显示占cpu(s)的50%，就就是只用了一个核，且一个核已经用了100%，而它显示的是相对于整个CPU（两个核心）来讲的50%。
所以两个进程时都占cpu(s)的50%，就是两个核都用到100%了。
你用图形界面的gnome-system-monitor看一下吧。我觉得是没问题的。

sentinel

tjpm兄，
我知道mpich-shmem-bin好使。不过mpich-shmem-bin是特别给双核处理器设计的。
我们还是需要一般的mpich用来多个机器同时运算的。